YÖK'ün soruşturma başlatması sonrası hükümetten de eleştiri geldi. Muhalefette cephesinde ise konuya yaklaşım farklı farklı oldu. HDP ve CHP'den bildiriye destek mesajları verilirken, MHP sert çıktı.
MHP Grup Başkanvekili Erkan Akçay, "Aydınlığı kimler kaybetmiş ki bunlar bulsun" diyerek bildiriye imza atan 1100 akademisyene yüklendi. Akçay, 'barış bildirisi' metini imzalayan akademisyenlere yönelik "Bunlara tek tek bakalım. Bunların terör örgüt ve faaliyetlerine açıkça destek verdiğini düşünüyorum. Aydın davranışı değildir bu. Aydınlığı kim kaybetmiş ki bunlar bulsun. Kınıyorum kendilerini" dedi.
MHP Grup Başkanvekili Akçay, TBMM'de yaptığı basın açıklamasında gazetecilerin sorunlarını yanıtladı. Akçay, şunları söyledi:
"Bunlara tek tek bakalım. Maalesef devlet imkanlarıyla geçinen bize göre aydın niteliklerini yeterince taşımayan kişiler. Bunların terör örgüt ve faaliyetlerine açıkça destek verdiğini düşünüyorum. Aydın davranışı değildir bu. Kınıyorum kendilerini ben. Terör örgütüne söyleyecekleri tek kelime yok mudur bu aydınların? Aydınlar toplumda birliği beraberliği birlikte yaşama arzusunu güçlendirir. Aydın yaftasını boyunlarından çıkarsınlar. Aydınlığı kim kaybetmiş ki bunlar bulsun. Nerede bölücü faaliyetler var aydın kisveli kişiler ortaya çıkıyor. Bunu sözlerimle reddediyorum ve kınıyorum."