Mülkiyeti Vakıflar Genel Müdürlüğü’ne ait olan tarihi Ayasofya Müzesi’nin Kültür ve Turizm Müdürlüğü tarafından işgaliyle ilgili vakıfların 1976 yılında açtığı men'i müdahale davasında son kararı mahkeme verdi.
Son dönemde ibadete açılıp açılmaması tartışmaları ile gündeme gelen Trabzon'daki tarihi Ayasofya Müzesi’nin mülkiyeti Vakıflar Genel Müdürlüğü’ne ait olmasına rağmen burasının 1964 yılından beri Kültür Turizm İl Müdürlüğü tarafından işgal edilmesi nedeniyle konuyla ilgili Vakıflar Genel Müdürlüğü Yargıtay'a dava açılması yönünde başvurmuştu. Yargıtay da dosyayı inceleyerek davanın yerel mahkemede görülmesi yönünde karar vermiş ancak aradan geçen zaman içersinde konuyla ilgili herhangi bir başvuru yapılmamıştı.
Yüksek Yargıtay 1. Hukuk Dairesi Başkanlığı 2010 yılında yaptığı incelemede Ayasofya Müzesi’nin malikine devri ile ilgili dosyanın açık olduğunu tespit etmesinin ardından davanın görülmesi için dosyayı Trabzon'daki yerel mahkemeye gönderdi. Trabzon 1. Asliye Hukuk Mahkemesi'nde konuyla ilgili yaklaşık 1 yıldır görülen dava sonuçlandı. Mahkeme, konuyla ilgili "Davaya konu olan Trabzon ili Ayasofya Mahallesi 24 ada 16 nolu parsele davalının yaptığı müdahalenin önlenmesine" yönünde karar verirken, bu karar doğrultusunda Ayasofya Müzesi'nin Trabzon Kültür ve Turizm İl Müdürlüğü işgalinden çıkarılarak mülkiyet sahibi olan Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne verilmiş oldu.
Son mahkeme kararı sonrasında Ayasofya'nın müze olarak mı kalacağı yoksa camiye çevrileceği merak konusu olurken, konuyla ilgili bir süre önce Başbakan Yardımcısı Bülent Arınç'ın Ayasofya'nın camiye çevrilmesi ile ilgili açıklamaları olmuştu. Konu basında geniş olarak yer alırken, mahkeme kararından sonra Vakıflar'ın nasıl bir yol izleyeceği konusunda Vakıflar Bölge Müdürü Mazhar Yıldırımhan, “Ortada bir vakfiye var o bizim için bağlayıcı olur” demekle yetindi.