Tek maçlık eleminasyon sisteminde oynanacak, 32 takımın katıldığı bu turda, 2. eleme turundan gelen 14 takım, 2010-2011 sezonunda Spor Toto Süper Lig'de ilk 14 sırayı alan takımlar ile eşleşti. Geçen sezon Spor Toto Süper Lig'i 15. sırada tamamlayan Sivasspor ile aynı sezon Bank Asya 1.Lig'den Spor Toto Süper Lig'e yükselen 3 takım olan Mersin İdmanyurdu, Samsunspor ve Orduspor da birbiriyle eşleşti. Maçlar, kurada küçük numarayı çeken takımın sahasında oynanacak. Normal sürenin berabere bitmesi durumunda 15'er dakikalık 2 devre uzatılacak. Burada da eşitlik bozulmazsa penaltı atışlarına geçilecek. Ev Sahibi Takım Misafir Takım MKE ANKARAGÜCÜ KASIMPAŞA ÇAYKUR RİZESPOR A.Ş. GAZİANTEPSPOR BURSASPOR Ş.URFASPOR BUGSAŞ SPOR MANİSASPOR TRABZONSPOR A.Ş. İST.GÜNGÖRENSPOR GAZİOSMANPAŞA M.P. ANTALYASPOR BEŞİKTAŞ A.Ş. GAZİANTEP B.Ş. BLD.SPOR ADANASPOR A.Ş. BÜYÜKŞEHİR BLD.SPOR FENERBAHÇE A.Ş. KONYA TORKU ŞEKERSPOR EYÜPSPOR ESKİŞEHİRSPOR K.D.Ç. KARABÜKSPOR ÜNYESPOR AKHİSAR BELEDİYE G. KAYSERİSPOR GALATASARAY A.Ş. ADANA DEMİRSPOR BOLUSPOR GENÇLERBİRLİĞİ SAMSUNSPOR ORDUSPOR MERSİN İDMAN YURDU SİVASSPOR
10-11-12 Ocak'ta oynanacak maçlarda, turu geçen 16 takım bir üst kademeye yükselecek.
Ziraat Türkiye Kupası 3. tur eşleşmeleri şöyle oluştu: