18'er takımlı 3 ayrı grupta yapılacak olan Spor Toto 3.Lig, 8 Eylül 2012'de başlayacak. Ligin ilk devresi 23 Aralık 2012 tarihinde sona erecek. Spor Toto 3.Lig'in ikinci yarısı ise 19 Ocak 2013'te başlayacak ve 5 Mayıs 2013'te tamamlanacak.
Geçtiğimiz sezon Bölgesel Amatör Lig'den yükselen Bergama Belediyespor, Silivrispor, Kahramanmaraş Belediyespor, Kayseri Şekerspor, Çorum Belediyespor, Emrespor, Fatih Karagümrükspor, Derince Belediyespor ve Refahiyespor, bu sezonda Spor Toto 3.Lig'in yeni takımları olacak.
Spor Toto 3.Lig'de yer alan 54 takım içerisinde en kalabalık grup, 8 kulüp ile İstanbul temsilcileri oldu. 1.Grup'ta; İstanbulspor A.Ş., Fatih Karagümrük ve Anadolu Üsküdar, 2.Grup'ta Silivrispor ve Ümraniyespor, 3.Grup'ta Sancaktepe Belediyespor, Beylerbeyispor ve Maltepespor yer alıyor. İstanbul'un dışında en kalabalık temsilcisi olan il Kocaeli oldu. Spor Toto Süper Lig'de uzun yıllar yer almış olan ve 1997 ile 2002 yıllarında Türkiye Kupası'nı kazanma başarısı gösteren Kocaelispor'un yanı sıra Gölcükspor, Gebzespor, Derince Belediyespor ve Darıca Gençlerbirliği de Kocaeli'nin bu ligdeki temsilcileri olacak.
Spor Toto 3.Lig'de Bursa'dan Orhangazispor, Bursa Nilüferspor A.Ş. ve Oyak Renaultspor; Trabzon'dan Beşikdüzüspor, Yalıspor ve Arsinspor yer alırken, İzmir'den de Bergama Belediyespor, Menemen Belediyespor ve Altınordu bulunuyor.
Çift devreli lig müsabakaları sonunda Spor Toto 3. Lig'de, gruplarını şampiyon olarak tamamlayan 3 takım Spor Toto 2.Lig'e yükselecek. Gruplarında 2., 3., 4. ve 5. sırayı alan takımlar ise Spor Toto 2. Lig'e yükselecek son 3 takımın belirleneceği Play-Off müsabakalarına katılacak.
Spor Toto 3. Lig'de çift devreli lig müsabakaları sonunda her 3 grupta 16., 17. ve 18. sıraları alan 3 takım olmak üzere toplam 9 takım Bölgesel Amatör Lig'e düşecek.